Ο καθηγητής Ξαβιέρ και οι γενετικά προικισμένοι υπερήρωές του αντιμετωπίζουν μια αυξανόμενη εχθρότητα, οδηγούμενη από τον Συνταγματάρχη Γουίλιαμ Στράικερ. Η Στορμ, ο Γουλβερήν και η Τζην Γκρέι πρέπει να συμμαχήσουν με τον εχθρό τους, το Μαγκνέτο και τη Μυστίκ για να αποτρέψουν το σχέδιο του Στράικερ να καταστρέψει όλους τους μεταλλαγμένους.

Ο γιατρός Hank McCoy ή αλλιώς Beast φτιάχνει το φάρμακο κατά της μετάλλαξης βάζοντας έτσι δίλημμα στους μεταλαγμένους να διατηρήσουν την μοναδικότητά τους ή να απαρνηθούν για πάντα τις δυνάμεις τους. Οι μεταλλαγμένοι χωρίζονται σε δύο στρατόπεδα, το ένα με αρχηγό τον Charles Xavier υπερασπίζει την επιείκεια στις προσωπικές επιλογές και το άλλο με αρχηγό τον Magneto κηρύττει την επιβίωση των καλύτερων. Οι αντίθετες πλευρές θα ξεκινήσουν ένα πόλεμο που θα είναι καθοριστικός για όλους.

Ο Λόγκαν, ένας μεταλλαγμένος πρώην μισθοφόρος, έχει αποσυρθεί πλέον στα καναδικά βουνά. Η ήρεμη ζωή του όμως θα διαταραχτεί από την επίσκεψη του αδίστακτου και πολύ δυνατότερου αδερφού του Βίκτορ, ο οποίος έρχεται για να λύσει τις διαφορές του παρελθόντος.

Πριν ακόμα ο Τσαρλς Ξαβιέρ και ο Έρικ Λένσερ πάρουν τα ονόματα Καθηγητής Χ και Μαγκνέτο, ήταν δύο νεαροί που ανακάλυπταν για πρώτη φορά τις δυνάμεις τους. Πριν γίνουν άσπονδοι εχθροί ήταν οι καλύτεροι φίλοι, δουλεύοντας μαζί με άλλους μεταλλαγμένους (άλλους γνωστούς, άλλους όχι) για να σταματήσουν την μεγαλύτερη απειλή που είχε γνωρίσει ο κόσμος.

Ο Φρανκ, ο Τζο, ο Μάρβιν και η Βικτώρια ήταν κορυφαίοι πράκτορες της ΣΙΑ, αλλά τα μυστικά που γνωρίζουν τους έβαλαν στο στόχαστρο της Υπηρεσίας. Κατηγορούμενοι άδικα για δολοφονία, θα πρέπει να χρησιμοποιήσουν όλη την εξυπνάδα, την πείρα και την φιλία τους για να ξεγελάσουν τους θανάσιμους διώκτες τους και να παραμείνουν ζωντανοί. Για να γλυτώσουν ξεκινούν μια επικίνδυνη καταδίωξη, που όμως για πράκτορες σαν αυτούς, δεν είναι παρά μια συνηθισμένη μέρα στη δουλειά. Είναι βασισμένο στις εικονογραφημένες ιστορίες της DC, των Warren Ellis και Cully Hamner.

Σε ένα δυστοπικό μέλλον, οι άνθρωποι έχουν στην υπηρεσία τους τους Φύλακες, πανίσχυρα γιγαντιαία ρομπότ που έχουν εξολοθρεύσει τους περισσότερους μεταλλαγμένους, αλλά και τους ανθρώπους υποστηρικτές τους. Ο καθηγητής Τσαρλς Εξέβιερ και ο Μαγκνίτο θα προσπαθήσουν από κοινού να σώσουν τους μεταλλαγμένους από την πλήρη εξαφάνιση. Μοναδική ελπίδα τους είναι ο Γουλβερίν, ο οποίος χάρη στην ικανότητα αυτο-ίασης που διαθέτει είναι ο μοναδικός που μπορεί να ταξιδέψει στο παρελθόν και ν’ αλλάξει το ρου της ιστορίας.

Ο Χάρι Πότερ επιστρέφει στο Χόγκουαρντς για μια ακόμη χρονιά και μαθαίνει περισσότερα για το σκοτεινό παρελθόν του αγοριού, που μεγάλωσε και έγινε ο Λόρδος Βόλντεμορτ. Ο Βόλντερμορτ εδραιώνει ακόμη περισσότερο την παρουσία του στον κόσμο των Μαγκλ και των Μάγων και το Χόγκουαρντς δεν είναι πλέον ο ασφαλής παράδεισος του πρόσφατου παρελθόντος. Προσπαθώντας να ανακαλύψουν την αχίλλειο πτέρνα της άμυνας του Βόλντεμορτ, ο Ντάμπλντορ ζητά τη βοήθεια ενός παλιού του φίλου και συναδέλφου, του καθηγητή Οράτιου Σλάγκχορν, που πιστεύει ότι γνωρίζει σημαντικές πληροφορίες.

Από την αυγή του πολιτισμού, λατρευόταν σαν θεός. Ο Απόκαλιψ, ο πρώτος και ισχυρότερος μεταλλαγμένος από το σύμπαν των X-Men, έχει συγκεντρώσει τις δυνάμεις πολλών άλλων μεταλλαγμένων, καταλήγοντας αθάνατος και ανίκητος. Ξυπνώντας μετά από χιλιάδες χρόνια, απογοητεύεται από τον κόσμο που βρίσκει και σχηματίζει μια ομάδα παντοδύναμων μεταλλαγμένων, συμπεριλαμβανομένου και του αποκαρδιωμένου Μαγκνέτο, για να «καθαρίσει» την ανθρωπότητα και να δημιουργήσει έναν νέο κόσμο, στον οποίο θα κυριαρχεί. Καθώς η μοίρα της Γης κρέμεται από μία κλωστή, η Ρέιβεν, μαζί με τη βοήθεια του Καθηγητή Χ, πρέπει να ηγηθεί μιας ομάδας νέων X-Men για να σταματήσουν τον μεγαλύτερο εχθρό τους και να σώσουν την ανθρωπότητα από την απόλυτη καταστροφή.

While Senator Kelly addresses a senate committee about the supposed mutant menace, we learn about the making of the movie, X-Men.

Εντελώς απροετοίμαστος και άγνωστος μεταξύ αγνώστων στην Ιαπωνία, ο Γούλβεριν θα αντιμετωπίσει την υπέρτατη δοκιμασία, σε μια μάχη μέχρι θανάτου που θα τον αλλάξει για πάντα. Ευάλωτος για πρώτη φορά, θα αγγίξει τα όρια τόσο στις σωματικές όσο και στις συναισθηματικές τους δυνατότητες, αφού θα χρειαστεί να αντιμετωπίσει όχι μόνο το φονικό σπαθί των σαμουράι, αλλά και έναν εσωτερικό αγώνα ενάντια στην ίδια του την αθανασία, για να αναδυθεί και πάλι δυνατότερος από ποτέ.

The Autobots continue to work for NEST, now no longer in secret. But after discovering a strange artifact during a mission in Chernobyl, it becomes apparent to Optimus Prime that the United States government has been less than forthright with them.

Έχουν περάσει αιώνες από τότε που οι θεοί κέρδισαν τον πόλεμο από τους τιτάνες. Η εμφάνιση, όμως, του βασιλιά Υπερίωνα είναι μια νέα μεγάλη απειλή, αφού κηρύσσει πόλεμο ενάντια στην ανθρωπότητα. Μαζί με έναν αιμοσταγή στρατό, αναζητά ανά την Ελλάδα το θρυλικό Τόξο της Ηπείρου, ένα μυθικό όπλο κατασκευασμένο από τον Άρη. Μόνο αυτός που κατέχει το Τόξο μπορεί να απελευθερώσει τους τιτάνες από τα Τάρταρα. Όμως, οι θεοί είναι ανίσχυροι λόγω ενός αρχαίου νόμου που δεν τους επιτρέπει να παρεμβαίνουν στα των ανθρώπων. Μόνο ένας χωρικός, ο Θησέας, είναι αυτός που μπορεί να σταματήσει τον Υπερίωνα και τις ορδές του.

Η Σελίν, η ατρόμητη βαμπίρα-πολεμιστής, ξυπνά από κώμα έπειτα από 15 ολόκληρα χρόνια, για να ανακαλύψει πως έχει αποκτήσει μια κόρη, τη Νίσα, από τη σχέση της με τον Μάικλ. Μόνο που το γεγονός πως η 14χρονη κοπέλα έχει κληρονομήσει τις ικανότητες του πατέρα της, ο οποίος ήταν υβρίδιο λυκανθρώπου και βαμπίρ, την καθιστά περιζήτητη από την επιστημονική ομάδα της BioCom που χρειάζεται το DNA της για να δημιουργήσει πανίσχυρους λυκανθρώπους, τους οποίους και σκοπεύει να εξαπολύσει ενάντια στους βρικόλακες. Την ίδια στιγμή, ωστόσο, η ανθρωπότητα, η οποία έχει πλέον ανακαλύψει την ύπαρξη των βαμπίρ και των λυκανθρώπων, αποφασίζει να κηρύξει τον πόλεμο ενάντια στις δύο πανάρχαιες αυτές φυλές.

Η Γη μετατρέπεται σε πεδίο μάχης μεταξύ δύο εξωγήινων φυλών ρομπότ. Μοναδική ελπίδα για την ανθρωπότητα είναι ο νεαρός Σαμ Γουιτγουίκι, ο οποίος κρατά το "κλειδί" της τελικής επικράτησης.

Μια σπάνια μετάλλαξη στην κοινότητα των βρικολάκων οδήγησε στη δημιουργία του Ρίπερ: ενός πλάσματος με τόσο ακόρεστη δίψα για αίμα που επιτίθεται και σε ανθρώπους και σε βρικόλακες, μεταμορφώνοντας όσους καταφέρουν να ζήσουν σε ομοίους του. Το Έθνος των Βρικολάκων ζητάει από τον Μπλέιντ να τους βοηθήσει να σταματήσουν τη μάστιγα πριν καταστραφούν όλοι, άνθρωποι και βρικόλακες.

Ο Μάξιμος Δέκιμος Μερίδιος είναι ο καλύτερος και παράλληλα πιο λαοφιλής από τους στρατηγούς του αυτοκράτορα Μάρκου Αυρήλιου, ο οποίος όταν πεθαίνει τον αφήνει ως διάδοχο του θρόνου, υποσκελίζοντας τον ίδιο το γιο του, τον Κόμμοδο, με την ελπίδα πως ο Μάξιμος θα μπορέσει να λειτουργήσει ως γέφυρα για τη μετάβαση από τη μοναρχία προς τη δημοκρατία. Ωστόσο ο δολοπλόκος Κόμμοδος θα κατορθώσει να τον βγάλει από το προσκήνιο, καθαιρώντας τον και καταδικάζοντας τον σε θάνατο. Παρόλο που ο Μάξιμος θα γλιτώσει την εκτέλεση, δεν θα μπορέσει να κάνει το ίδιο και για την οικογένεια του κι έτσι, ως μονομάχος πλέον, περιμένει την κατάλληλη ευκαιρία για να δράσει και να εκδικηθεί. Η ευκαιρία δεν θα αργήσει να παρουσιαστεί, με την ευκαιρία διοργάνωσης μονομαχιών προς τιμήν του νέου αυτοκράτορα στη Ρώμη, όπου καλείται να συμμετάσχει και η ομάδα του Μάξιμου.

Εδώ και αιώνες τώρα, καλά κρυµµένες από κάθε ανθρώπινο ον, δύο φυλές εξελίσσονται παράλληλα: οι αριστοκρατικοί και πιο ευγενικοί Βρικόλακες και οι κτηνώδεις και πιο σκληροί Λυκάνθρωποι. Για την ανθρωπότητα, η ύπαρξή τους δεν είναι τίποτα παραπάνω από ένας µύθος. Για την κάθε µία φυλή, όµως, το όνοµα της άλλης σημαίνει θανάσιμος εχθρός και υπόσχεση µυστικού πολέµου έως την τελική εξόντωση µίας από τις δύο. Κατά τη διάρκεια αυτής της διαµάχης µια πολεµίστρια Βρικόλακας, η Σελίν, ανακαλύπτει πως οι Λυκάνθρωποι έχουν σχεδιάσει να απαγάγουν έναν νεαρό γιατρό από τη γη, τον Μάικλ. Καθώς τον ακολουθεί σ` όλη την πόλη, θα δεθεί µαζί του µε πρωτόγνωρο τρόπο και ενώ τα βάζει µε τον χρόνο για να τον σώσει και να λύσει τη «λυκανθρώπινη» συνωµοσία που τον περιβάλει, ανακαλύπτει ένα µυστικό µε τροµακτικές συνέπειες και για τις δύο φυλές.

Η πλοκή της ταινίας τοποθετείται χρονικά στο 1995, έντεκα χρόνια μετά τα γεγονότα της πρώτης ταινίας. Ο Τζον Κόνορ, σε ηλικία έντεκα ετών, ζει με τους κηδεμόνες του στο Λος Άντζελες. Η μητέρα του Σάρα Κόνορ, προετοίμαζε τον Τζον ώστε να εκπληρώσει το μελλοντικό του καθήκον. Συνελήφθη ωστόσο, μετά από απόπειρά της να βομβαρδίσει ένα εργοστάσιο με υπολογιστές και στη συνέχεια μεταφέρθηκε σε ψυχιατρική κλινική. Μετά την πρώτη, ανεπιτυχή απόπειρα του υπερυπολογιστή Skynet να εξοντώσει την Σάρα Κόνορ, στέλνει πίσω στο χρόνο έναν νέο, ακόμα πιο εξελιγμένο, σάιμποργκ εξολοθρευτή, τύπου Τ-1000, προκειμένου να εξοντώσει αυτήν τη φορά, τον ίδιο τον Τζον Κόνορ. Παράλληλα, ο μελλοντικός Τζον Κόνορ, στέλνει έναν επαναπρογραμματισμένο εξολοθρευτή τύπου Τ-800, όμοιο με αυτόν που καταδίωκε την Σάρα Κόνορ στην πρώτη ταινία, αυτήν την φορά για να προστατεύσει τον ίδιο (ακόμη σε νεαρή ηλικία) και την μητέρα του.

Έχοντας κατηγορηθεί για μια βομβιστική, τρομοκρατική επίθεση στο Κρεμλίνο, ο πράκτορας της IMF Ίθαν Χαντ και η ομάδα του αποκηρρύσονται με τον Πρόεδρο να θέτει σε εφαρμογή το Πρωτόκολλο Φάντασμα. Μη έχοντας πηγές ή όποια άλλη υποστήριξη ο Ίθαν πρέπει αφενός να αποκαταστήσει το όνομα της ομάδας του και αφετέρου να αποτρέψει μια νέα επίθεση. Έτσι, ο Ίθαν ξεκινά άλλη μια επικίνδυνη αποστολή έχοντας στο πλευρό του και κάποιους άλλους επικηρυγμένους από την IMF, των οποίων τα κίνητρα δεν είναι και τόσο αθώα ή προφανή.

Όταν ένας αιχμάλωτος σε διαστημική φυλακή εξωγήινος δραπετεύει και γυρίζει πίσω στο χρόνο για να σκοτώσει τον πράκτορα Κέι και να απειλήσει το μέλλον του πλανήτη, ο πράκτορας Τζέι είναι υποχρεωμένος να τον ακολουθήσει. Το 1969 όμως κρύβει πολλά μυστικά κι εκπλήξεις.