Οι ήρωες μας πρέπει να προστατεύσουν τον Μάναφι, πρίγκιπα της θάλασσας, από τον κακό πειρατή Φάντομ και να επιστρέψουν τον νεαρό Πόκεμον στον θαλάσσιο ναό με τη βοήθεια των ανθρώπων του νερού και της Τζάκι.

Πριν τέσσερα χρόνια ένας μετεωρίτης έπεσε στη Γη κουβαλώντας και ένα μεγάλο μυστικό. Σήμερα όμως, όλα τα μυστικά αποκαλύπτονται στη Λαρούς Σίτυ, την πόλη με την υψηλή τεχνολογία, καθώς ο Ας, ο Πίκατσου κα η παρέα τους συναντούν τον Τρόι – ένα νέο φίλο που φοβάται τα Πόκεμον αλλά και τους εκπαιδευτές τους. Νέοι φόβοι προκύπτουν όταν μια μυστηριώδης αύρα κάνει την εμφάνιση της συνοδευόμενη από το Ντεόξις – ένα Πόκεμον διαφορετικό από όλα τα άλλα

Εκατοντάδες χρόνια πίσω ο λαός του Κάμαρον Πάλας, σώθηκε από σίγουρη καταστροφή, χάρη στη μεγάλη θυσία του Σερ Άρον και του Πόκεμόν του, Λουκάριο. Από τότε οι απόγονοι του Κάμαρον γιορτάζουν κάθε χρόνο την ηρωική του αυτή πράξη. Ο Ας βρίσκεται στην πόλη τις μέρες των εορτασμών, που ταυτόχρονα οργανώνεται ένας διαγωνισμός Πόκεμον. Ο Μιού εμφανίζεται στον διαγωνισμό και απαγάγει τον Πίκατσου και τον Μιάουθ, μεταφέροντάς τους στο “Δέντρο της Ζωής”. Ο Λουκάριο, το επί χρόνια αδρανές και προδομένο από τον αφέντη του, Πόκεμον, είναι ο μόνος που ξέρει και μπορεί να οδηγήσει τον Ας στο “Δέντρο της Ζωής” και στην επανάκτηση των ακριβών του φίλων. Θα χρειαστεί όμως προσπάθεια για να κερδίσουν οι άνθρωποι, ξανά, την εμπιστοσύνη του Λουκάριο και εκείνος να βοηθήσει τον Ας και την παρέα του