Πρόκειται για την συνέχεια της πολυαγαπημένης σειράς Naruto. Το Naruto Shippuden διαδραματίζεται όταν πια η γενιά του Naruto έχει ωριμάσει. Μετά από εκπαίδευση δυόμιση χρόνων με τον Jiraiya, ο Uzumaki Naruto, 15 χρονών πλέον επιστρέφει στην Konoha, ενώνεται με τους φίλους που άφησε πίσω και επανασυγκροτεί την Ομάδα 7, με μόνη έλλειψη τον Sasuke Uchiha.

Γενιές και γενιές της οικογένειας Τζόσταρ -όλες με το ίδιο ψευδώνυμο- αντιμετωπίζουν κακούς με υπερφυσικές δυνάμεις σε διάφορες χρονικές περιόδους.

Ύστερα από μια σειρά αιφνίδιων θανάτων, η εισαγγελέας Σάρα Σινκλέρ και ο ειδικός πράκτορας Τζέιμς Μπλαντ ανακαλύπτουν μια συνωμοσία με πρωτοφανείς βιομάσκες.

Αρκετά χρόνια πριν οι άνθρωποι βρίσκονταν πολύ κοντά στο να αφανιστούν από τους γίγαντες. Οι γίγαντες όπως στις ιστορίες ήταν αρκετά ψηλοί, με μηδαμινή νοημοσύνη, καταβροχθίζουν ανθρώπους και το χειρότερο απ' όλα, φαίνεται πως το κάνουν περισσότερο για ευχαρίστηση παρά για εύρεση τροφής. Ένα μικρό ποσοστό ανθρώπων επέζησε επειδή κλείστηκαν σε μία πόλη η οποία προστατεύεται από πραγματικά τεράστιους τοίχους, ψηλότερους ακόμα κι από έναν τεράστιο γίγαντα.Στο παρόν πλέον, οι γίγαντες έχουν να εμφανιστούν στην πόλη πάνω από 100 χρόνια. Ένα έφηβο αγόρι που το λένε Eren και η θετή του αδελφή Mikasa έγιναν μάρτυρες ενός φρικιαστικού γεγονότος όταν οι τοίχοι της πόλης καταστράφηκαν από έναν τεράστιο και πολύ δυνατό γίγαντα που εμφανίστηκε από το πουθενά. Όσο οι μικρότεροι γίγαντες πλημμύριζαν την πόλη, τα δύο παιδιά έβλεπαν με τρόμο τη μητέρα τους να τρώγεται ζωντανή. Ο Eren υπόσχεται τότε ότι θα εξολοθρεύσει κάθε γίγαντα παίρνοντας εκδίκηση για όλο το ανθρώπινο είδος.

Η σειρά ακολουθεί την προσπάθεια των ανθρώπινων διαστημικών αποικιών, στην προσπάθεια τους να σώσουν τη Γη από μια φυλή επικίνδυνων και αιμοβόρων εξωγήινων.

Οι Εκδικητές σώζουν τρία παιδιά (τον Μακότο, τον Άντι και την Κλόι), τα οποία απέκτησαν υπερδυνάμεις στο πλαίσιο ενός σκοτεινού πειράματος που διεξήγαγε ο υποχθόνιος οργανισμός Ύδρα.

Η σειρά αφηγείται σε ιστορία για ένα παιδί του δρόμου που προσπαθεί να επιβιώσει στη Νάιτ Σίτι, έναν μελλοντικό κόσμο, εμμονικό με την τεχνολογία και τη σωματική αλλαγή. Επειδή κινδυνεύει να χάσει τα πάντα, αποφασίζει να παραμείνει ζωντανός και να γίνει edgerunner, ένας παράνομος μισθοφόρος γνωστός και ως κυβερνοπάνκ.

Ένας έφηβος μαθητής, ο οποίος έχει τη δύναμη να κάνει τους άλλους να υπακούν, είναι ο μασκοφόρος που θα ηγηθεί της εξέγερσης της Ιαπωνίας ενάντια στους εισβολείς.

Ένας έφηβος μαθητής, ο οποίος έχει τη δύναμη να κάνει τους άλλους να υπακούν, είναι ο μασκοφόρος που θα ηγηθεί της εξέγερσης της Ιαπωνίας ενάντια στους εισβολείς.

Ένας έφηβος μαθητής, ο οποίος έχει τη δύναμη να κάνει τους άλλους να υπακούν, είναι ο μασκοφόρος που θα ηγηθεί της εξέγερσης της Ιαπωνίας ενάντια στους εισβολείς.

Ένας έφηβος μαθητής, ο οποίος έχει τη δύναμη να κάνει τους άλλους να υπακούν, είναι ο μασκοφόρος που θα ηγηθεί της εξέγερσης της Ιαπωνίας ενάντια στους εισβολείς.

Ένας έφηβος μαθητής, ο οποίος έχει τη δύναμη να κάνει τους άλλους να υπακούν, είναι ο μασκοφόρος που θα ηγηθεί της εξέγερσης της Ιαπωνίας ενάντια στους εισβολείς.

Ένας έφηβος μαθητής, ο οποίος έχει τη δύναμη να κάνει τους άλλους να υπακούν, είναι ο μασκοφόρος που θα ηγηθεί της εξέγερσης της Ιαπωνίας ενάντια στους εισβολείς.

Σε έναν άλλο κόσμο, η νίντζα είναι η απόλυτη δύναμη, και στο Χωριό Κρυμμένο στα Φύλλα ζει ο πιο απότομος νίντζα στη χώρα. Δώδεκα χρόνια νωρίτερα, η τρομακτική Fox-Nine Tailed τρομοκρατούσε το χωριό και σκότωσε πολλές ζωές προτού υποταχθεί και το πνεύμα της σφραγίστηκε μέσα στο σώμα ενός μωρού. Αυτό το αγόρι, ο Naruto Uzumaki, μεγάλωσε για να γίνει ninja-in-training που ενδιαφέρεται περισσότερο για φάρσες παρά για τη μελέτη του ninjutsu .. αλλά ο Naruto είναι αποφασισμένος να γίνει ο μεγαλύτερος ninja ποτέ!

Πρωταγωνιστής της σειράς είναι ο Λούφι, ένας θαρραλέος δεκαεπτάχρονος που έχει βάλει στόχο στη ζωή του να βρει το μεγάλο θησαυρό «ουάν πις» και να γίνει βασιλιάς των πειρατών. Η ιστορία ξεκινά με την εκτέλεση του πρώην βασιλιά των πειρατών, ο οποίος προτρέπει τους πάντες να ψάξουν για το θησαυρό του. 22 χρόνια μετά το θάνατο του, ακολουθούμε τον Λούφι και το πλήρωμά του καθώς σαλπάρουν, κυνηγώντας ο καθένας τα όνειρα του.

Ο δήθεν μεγαλύτερος απατεώνας της Ιαπωνίας Μακότο Ενταμούρα τα βρίσκει σκούρα όταν προσπαθεί να εξαπατήσει τον Λοράν Τιερί, έναν απατεώνα παγκοσμίου φήμης.

Έτος Επτά της Περιόδου Κόβα: στο Χοκάιντο που κατέχει η Νέο-Μπριτανική Αυτοκρατορία, ζουν δύο αδέλφια, οι Ανώνυμοι Μισθοφόροι. Ο αυτοκράτορας Κάλις αλ Μπριτάνια με τον υπηρέτη του Νόρλαντ και τους ιππότες Άινμπεργκ βυθίζουν την επικράτεια στο χάος. Ο Ροζέ κι ο Ας τούς πολεμούν από τον Βορρά.

Όταν ο Μπον επεμβαίνει κατά λάθος σε μια υπόθεση της Περιπόλου χρόνου, πρέπει μαζί με την πράκτορα Ριμ να σώσουν τις αθώες ζωές βλέποντας την ιστορία να εξελίσσεται.