Το 2199, πέντε χρόνια αφότου οι Γκάμιλονς άρχισαν την εισβολή τους στη Γη, ο πλανήτης έχει υποστεί μεγάλες καταστροφές από τις βόμβες τους. Τα απομεινάρια της ανθρωπότητας έχουν καταφύγει στο υπέδαφος για ν΄αποφύγουν τη ραδιενεργό επιφάνεια. Μια μέρα, ο πρώην πιλότος Σουσούμου Κοντάι ανακαλύπτει μια κάψουλα σταλμένη από τον πλανήτη Ισκαντάρ που αναφέρει για μια συσκευή ικανή ν΄αφαιρέσει τη ραδιενέργεια από την επιφάνεια της Γης. Έτσι ξαναφτιάχνουν το θωρηκτό Γιαμάτο προσθέτοντάς του ένα νέο σύστημα προώθησης ώστε να καλύψει γρήγορα τα 148.000 έτη φωτός μέχρι τον Ισκαντάρ. Έχουν μόνο ένα χρόνο στη διάθεσή τους πριν η ραδιενέργεια οδηγήσει την ανθρωπότητα σ΄αφανισμό.