Η ιστορία εξελίσσεται δύο χρόνια μετά το τέλος του παιχνιδιού. Μια ασθένεια ονόματι "Geostigma" μαστίζει τον κόσμο. Ο κεντρικός ήρωας, Cloud Strife, θα πρέπει να αντιμετωπίσει τρεις μυστηριώδεις άνδρες που απαγάγουν μικρά παιδιά και τους κάνουν πλύση εγκεφάλου. Στο πλευρό του θα σταθεί η Tifa Lockhart, η οποία είναι πλέον ιδιοκτήτρια ορφανοτροφείου και φυσικά και άλλοι χαρακτήρες από το final fantasy VII όπως ο Vincent Valentine.

Ο Ryu είναι χαμένος κάπου στην έρημο προσπαθώντας να εκπαιδευτεί και να μάθει να ελέγχει την τεχνική του Dark Hadou, ενώ ο Ken είναι πια βιομήχανος και η πολύ δουλειά τον έχει αποκόψει από τους φίλους και την οικογένεια του. Ταυτόχρονα μια παράξενη οργάνωση με το όνομα S.I.N. απαγάγει δυνατούς μαχητές για σκοτεινούς σκοπούς, και με εξαίρεση την Chun-li, τον Guile και την Cammy κανείς άλλος δεν τολμά να τους αντιμετωπίσει. Η ταινία βασίζεται στο ομώνυμο βιντεοπαιχνίδι.

Χιλιάδες χρόνια πριν, το θρυλικό πόκεμον Αρκέους ήρθε στη γη για να ανακτήσει το “Πετράδι της Ζωής» που είχε δανείσει σε έναν άνθρωπο, τον Δάμο. Ο Δάμος πρόδωσε όμως το Αρκέους και του επιτέθηκε με ένα μεγάλο στρατό πόκεμον. Αφού αντεπιτέθηκε, ο Αρκέους πήγε για ύπνο, υποσχόμενος να κρίνει όλους τους ανθρώπους για τις πράξεις του Δάμου όταν επιστρέψει ξανά