Μέλλον. Ο Τόμας ξυπνάει σε έναν ανελκυστήρα κι ενώ θυμάται μονάχα το όνομα του. Βρίσκεται σε έναν κόσμο με 60 παιδιά που έχουν μάθει να επιβιώνουν σε ένα κλειστό περιβάλλον, αρκούμενα στις δικές τους καλλιέργειες και προμήθειες. Ένα νέο αγόρι καταφτάνει κάθε 30 ημέρες. Όλα ξεκίνησαν πριν δύο χρόνια κι όλοι εκεί μέσα προσπαθούν να δραπετεύσουν μέσω ενός λαβύρινθου που τους περιβάλλει. Ενώ κάθε ελπίδα φαίνεται αδιανόητη, φτάνει ένα κορίτσι με ένα μυστηριώδες σημείωμα κι όλα φαντάζουν να αλλάζουν.

Στο νέο κεφάλαιο της επικής ιστορίας του «Λαβυρίνθου», ο Τόμας και οι σύντροφοί του αντιμετωπίζουν την μεγαλύτερη τους πρόκληση μέχρι τώρα: να ψάξουν για στοιχεία σχετικά με την μυστηριώδη και παντοδύναμη οργάνωση γνωστή ως Τμήμα Παγκόσμιας Καταστροφής (WCKD). Το ταξίδι τους τούς φέρνει στη Πύρινη Γη, ένα ερημικό τοπίο γεμάτο με αφάνταστα εμπόδια. Ενώνοντας τις δυνάμεις τους με αντιστασιακούς πολεμιστές, τα μέλη της ομάδας τα βάζουν με τις κατά πολύ ανώτερες δυνάμεις του WCKD και αποκαλύπτουν τα σοκαριστικά της σχέδια για αυτούς.