Πού τους είχαμε αφήσει λίγα χρόνια πριν; Μα πού αλλού…; Στη Μαδαγασκάρη… απ' όπου προσπαθούν τώρα να φύγουν ώστε να επιστρέψουν στην "πατρίδα" τους, τη Νέα Υόρκη! Το αεροπλάνο είναι έτοιμο προς απογείωση (όσο έτοιμο μπορεί να είναι ένα αεροπλάνο που έχουν επισκευάσει… πιγκουίνοι) και έπειτα από λίγα μίλια πτήσης, προσγειώνεται, με συνοπτικές διαδικασίες, στη μέση του πουθενά… δηλαδή της Αφρικής! Εκεί, καθένας από τους πρωταγωνιστές μας βρίσκει όλο και κάποιο δικό του, αλλά και πάλι…μπορεί η Αφρική να συγκριθεί με το "σπιτικό" τους στη Νέα Υόρκη;

Το λιοντάρι Άλεξ, η ζέβρα Μάρτι, η καμηλοπάρδαλη Μέλμαν, ο ιπποπόταμος Γκλόρια και τρεις... πιγκουίνοι, ενώ έχουν ζήσει όλοι τους τη ζωή σε ένα ζωολογικό κήπο, κατά λάθος αποβιβάζονται στα παράλια της Μαδαγασκάρης. Εκεί, θα διαπιστώσουν ότι η ζωή στην άγρια φύση δεν είναι καθόλου εύκολη, ακόμα και για τα πιο... άγρια ζώα!

Η γνωστή και μη εξαιρετέα παλιοπαρέα του Ζωολογικού Κήπου, που λατρεύουν μικροί και μεγάλοι, αγωνίζεται και σε αυτήν την ταινία, προκειμένου να φτάσει… (πού αλλού;) στη Νέα Υόρκη!!! Ο Άλεξ το λιοντάρι, ο Μάρτι η ζέβρα, ο Μέλμαν η καμηλοπάρδαλη και η Γκλόρια ο ιπποπόταμος ακόμα προσπαθούν να επιστρέψουν στο σπίτι τους και φυσικά, από την τρίτη αυτή απόπειρά τους, δεν θα μπορούσαν να λείπουν τα λεμούρια, ο Βασιλιάς Τζούλιαν, ο Μορίς και οι ανεκδιήγητοι, αλλά τρισχαριτωμένοι, τζέιμς μποντικού ύφους Πιγκουίνοι!!! Έτσι, όλοι μαζί ταξιδεύουν ανά την Ευρώπη, έχοντας βρει και την τέλεια κάλυψη,: ένα τσίρκο σε περιοδεία το οποίο, μάλιστα, οι φίλοι μας φτιάχνουν στα μέτρα τους, δηλαδή σε στιλ Μαδαγασκάρης! Στο κατόπι τους βρίσκεται η δαιμόνια αστυνομικός Σαντέλ Ντι Μπουά που τους καταδιώκει, ελπίζοντας να εμπλουτίσει τη συλλογή της και με ένα κεφάλι λιονταριού!