Η NCIS είναι μια ειδικευμένη ομάδα, που ασχολείται με τα εγκλήματα στο Ναυτικό (NCIS: Naval Criminal Investigative Service). Ο Τζέθρο Γκιμπς και οι συνεργάτες του χρησιμοποιούν τις εξειδικευμένες γνώσεις τους, το ταλέντο και τη διορατικότητα στην εξιχνίαση των πιο περίπλοκων και μυστηριωδών υποθέσεων. Η τρομοκρατία αλλά και το κοινό έγλημα βάζουν προκλήσεις, που η NCIS καλείται να αντιμετωπίσει, στη στεριά ή στη θάλασσα: περιστατικά με υποβρύχια που εξαφανίστηκαν από τη μία στιγμή στην άλλη, δολοφονίες εν πλω αλλά και απαγωγές μελών των οικογενειών στελεχών του Ναυτικού ή και των Πεζοναυτών.

Η υπόθεση επικεντρώνεται στον Dr. Beaumont Rosewood Jr., το κορυφαίο παθολόγο σε όλο το Μαιάμι και ιδιοκτήτη ενός εκ των κορυφαίων εργαστηρίων στη χώρα, και πάντα έχει την ικανότητα να βρει κάτι που θα χάσουν οι άλλοι. Και για αυτό το λόγο θα συνεργάζεται με την αστυνομία και συγκεκριμένα με μια κυνική ντεντέκτιβ που είναι αρκετά αντίθετη στο χαρακτήρα από τον ίδιο

Η Δρ. Τέμπερανς Μπρέναν είναι μία εξαιρετικά έμπειρη και ικανή ιατροδικαστής ανθρωπολόγος που εργάζεται στο Ινστιτούτο Τζεφερσόνιαν και γράφει μυθιστορήματα στο περιθώριο. Έχει μία απίστευτη ικανότητα να διαβάζει στοιχεία που έχουν μείνει στα οστά των θυμάτων. Συχνά δουλεύει μαζί με τον πράκτορα Σίλεϊ Μπουθ του τμήματος Ανθρωποκτονιών του F.B.I.