Η ιστορία εξελίσσεται δύο χρόνια μετά το τέλος του παιχνιδιού. Μια ασθένεια ονόματι "Geostigma" μαστίζει τον κόσμο. Ο κεντρικός ήρωας, Cloud Strife, θα πρέπει να αντιμετωπίσει τρεις μυστηριώδεις άνδρες που απαγάγουν μικρά παιδιά και τους κάνουν πλύση εγκεφάλου. Στο πλευρό του θα σταθεί η Tifa Lockhart, η οποία είναι πλέον ιδιοκτήτρια ορφανοτροφείου και φυσικά και άλλοι χαρακτήρες από το final fantasy VII όπως ο Vincent Valentine.

Μετά τον θάνατο τού Ρυουζάκι, τίποτα δεν είναι όπως πριν. Ο Λάιτ μπαίνει στην αστυνομία και προσποιείται ότι είναι ο L, ώστε να συνεχίσει την έρευνα τού Κίρα. Από την άλλη, συνεχίζει να σκοτώνει με τον Μικάμι ως πρωτοπαλλήκαρό του. Με αυτόν τον τρόπο ο Λάιτ τα βρίσκει εύκολα και ο ιδανικός τού κόσμος όπου είναι θεός, πλησιάζει ολοένα και περισσότερο στην εκπλήρωσή του. Όμως, δύο ακόμα είναι ενήμεροι για τον θάνατο του L. Ο Μέλλο και ο Νίαρ, και οι δύο έρχονται ως πιθανοί διάδοχοι τού L. O Nίαρ δημιουργεί μία ειδική ομάδα κατά του Κίρα και σύντομα βρίσκει την ίδια λύση που είχε βρει ο L. Ο Λάιτ πρέπει να είναι ο Κίρα! Η υποψία αυτή προκαλεί στην ειδική επιτροπή αμφιβολίες και ο Λάιτ είναι και πάλι υπό εποπτεία. Μα, δεν θα είχε φτάσει τόσο μακριά, αν σταματούσε τόσο εύκολα στα εμπόδια.

Στον κόσμο των θεών τού θανάτου, ο Σινιγκάμι Ρυούκ αναπολεί την πιο ενδιαφέρουσα περίοδο της ζωής του. Όλα αυτά έγιναν πολλά χρόνια πριν. Το αστέρι τού σχολείου Λάιτ Γιαγκάμι βρίσκει ένα τετράδιο, το αποκαλούμενο “Τετράδιο Θανάτου”. Είναι το βιβλίο ενός θεού τού θανάτου, το οποίο έχει την απίστευτη δύναμη να σκοτώνει τους ανθρώπους, των οποίων το όνομα καταγράφεται σε αυτό. Αυτή η ανακάλυψη θολώνει τις γραμμές μεταξύ καλού και κακού για τον φανατικό τής δικαιοσύνης και σύντομα φιλοδοξεί να γίνει ο θεός ενός άνευ εγκληματικότητος κόσμου τής δικής του δημιουργίας. Αλλάζει μεταξύ των ρόλων τού “Κίρα” του σωτήρα και δικαστή των εγκληματιών και τού Λάιτ, τού βοηθητικού και έξυπνου νέου, που βοηθά τον αντίπαλό του, ιδιωτικό ερευνητή L, να πιάσει τον Κίρα.