O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.

Μεταφερόμαστε στο μέλλον όταν ο άνθρωπος έχει αναπτύξει ένα πιλοτικό σύστημα τεχνητής νοημοσύνης που το χρησιμοποιεί ως εκτελεστικό όργανο επικίνδυνων αποστολών. Κάποια στιγμή ο έλεγχος ξεφεύγει και η μηχανή αποδεικνύεται εξυπνότερη και ο άνθρωπος έρχεται αντιμέτωπος με τον χειρότερο εφιάλτη του.Την μηχανή που ο ίδιος δημιούργησε. Ο πόλεμος ανάμεσά τους είναι σκληρός και το αποτέλεσμα αμφίβολο.

Μια μικρή κωμόπολη του Αμερικάνικου Νότου, πλάι σε μια ζοφερή περιοχή βάλτων, αναστατώνεται, όταν περίεργοι φόνοι συμβαίνουν στους σκοτεινούς βάλτους. Ο τοπικός «βαρώνος» πετρελαίου ζητά άμεση επέμβαση από τον νεοφερμένο σερίφη, Κάιλ, και κατηγορεί έναν ιθαγενή οικολόγο ακτιβιστή, τον Λάροκ για τους φόνους. Όμως, ο Λάροκ μιλάει στον σερίφη για έναν τοπικό θρύλο, ένα ανατριχιαστικό μυστικό που κρύβεται στους βάλτους: ένα φρικιαστικό πλάσμα που αναδύθηκε ξανά από το βούρκο και είναι υπεύθυνο για τους φόνους. Ο σερίφης, αν και δεν πιστεύει στο μύθο, θα προσπαθήσει να λύσει το μυστήριο. Και όταν τις νύχτες τα ουρλιαχτά από τους βάλτους φτάνουν ως την πόλη, ο Κάιλ θα μπει στα βαλτοτόπια για να ανακαλύψει την τρομακτική αλήθεια.

Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.

Αφού απελευθέρωσε μια νεαρή κοπέλα από την άδικη φυλάκισή της στην Ιερουσαλήμ, η Φράνι Φίσερ αρχίζει να αποκαλύπτει ένα μυστήριο σχετικά με τα ανεκτίμητα σμαράγδια, τις αρχαίες κατάρες του Μ. Αλεξάνδρου και την αλήθεια πίσω από την ύποπτη εξαφάνιση της ξεχασμένης φυλής του Σιρίν.

Η ταινία, χρονικά τοποθετημένη πέντε χρόνια μετά το τέλος του Σούπερμαν 2, ξεκινάει με την επιστροφή του Σούπερμαν. Ο ήρωάς μας ανακαλύπτει πως κατά τη διάρκεια της απουσίας του ο Λεξ Λούθορ αφέθηκε ελεύθερος και οι κοντινοί του άνθρωποι αισθάνθηκαν εγκαταλελειμμένοι και συνέχισαν τις ζωές τους. Ο Λούθορ σχεδιάζει την απόλυτη εκδίκηση που θα οδηγήσει στο θάνατο εκατομμυρίων και θα αλλάξει το πρόσωπο του πλανήτη για πάντα, φυσικά αφού ξεφορτωθεί τον σταυροφόρο με την κάπα.

Όλα ξεκινούν όταν μια όμορφη και δημοφιλής μαθήτρια του γυμνασίου βρίσκεται δολοφονημένη στον κήπο του σπιτιού της. Μια ομάδα μαθητών, με ολότελα λανθασμένη αντίληψη για το τι συμβαίνει γύρω τους, αρχίζουν να υποψιάζονται πως ο δολοφόνος βρίσκεται ανάμεσα τους. Αν όλα αυτά σας θυμίζουν κάτι , δεν πέφτετε και πολύ έξω, καθώς όμως ξετυλίγεται το κουβάρι της ιστορίας, μια σειρά από εξωφρενικές και ολίγον τι μακάβριες εκπλήξεις διασύρουν την πλοκή της ταινίας , διανθίζοντάς τη με σουρεαλιστικές καταστάσεις και ανατροπές.