Οι Χελώνες και ο Σρέντερ μάχονται για άλλη μια φορά, αυτή τη φορά για το τελευταίο δοχείο της λάσπης που δημιούργησε τις Χελώνες, το οποίο ο Σρέντερ θέλει να δημιουργήσει έναν στρατό νέων μεταλλαγμένων.

Όταν ποσότητες ραδιενεργών αποβλήτων έρχονται σε επαφή με τέσσερα χελωνάκια κι έναν αρουραίο στους σκοτεινούς υπονόμους της Νέας Υόρκης, η χημική αντίδραση που δημιουργείται προκαλεί κάτι αδιανόητο. Ο αρουραίος είναι πλέον ο σοφός δάσκαλος Σπλίντερ και οι χελώνες… χελωνονιντζάκια! Ο Ραφαέλ, ο Μικαλάντζελο, ο Ντονατέλο κι ο Λεονάρντο είναι άσοι στο να τρώνε πίτσα και να καταπολεμούν το έγκλημα με τις γνώσεις τους πάνω στις πολεμικές τέχνες. Ο εχθρός ονομάζεται Σρέντερ και η επιθυμία του να κατακτήσει τον κόσμο μπορεί να βρει κόντρα μονάχα από τους τέσσερις ήρωες.

Ο Στου Μίλερ, ο καρτουνίστας δημιουργός του Monkeybone, πέφτει σε κώμα και βρίσκεται μέσα στον κόσμο του πίθηκου ήρωα του. Θέλοντας να βρει δρόμο επιστροφής, πρέπει να τα βρει με τον Monkeybone, κάτι το ιδιαίτερα δύσκολο. Στην απελπισία του, είναι έτοιμος να κάνει συμφωνία με τον θεό του ύπνου.

Ο Έις Βεντούρα έχει να φέρει σε πέρας μια πολύ σημαντική αποστολή. Πρέπει να ταξιδέψει μέχρι την Αφρική με τον εξερευνητή Φάλτον Γκρίνγουολ και να βρει την ιερή νυχτερίδα. Διαφορετικά θα ξεσπάσει ένας τραγικός πόλεμος ανάμεσα στις φυλές Γουαχότο και Γουαχάκι τον οποίο μόνο το ιερό πτηνό μπορεί να αποτρέψει. Βέβαια η επέμβαση του Έις Βεντούρα θα περιπλέξει την κατάσταση.