Έτος 2116 - Η ιαπωνική κυβέρνηση αρχίζει να εξάγει τα μη επανδρωμένα ρομπότ τραντάγματος Sybyl σε προβληματικές χώρες και το σύστημα εξαπλώνεται σε όλο τον κόσμο. Ένα κράτος στη μέση ενός εμφυλίου πολέμου, η SEAU (Ένωση Νοτιοανατολικής Ασίας), φέρνει το σύστημα Sibyl ως πείραμα. Στο πλαίσιο του νέου συστήματος, η παράκτια πόλη Shambala Float επιτυγχάνει προσωρινή ειρήνη και ασφάλεια. Στη συνέχεια, όμως, ο SEA στέλνει τρομοκράτες στην Ιαπωνία. Θα γλιστρήσει μέσα από το σύστημα Sibyl και στη συνέχεια θα επιτεθεί από μέσα. Η σκιά ενός συγκεκριμένου ανθρώπου πέφτει σε αυτό το περιστατικό.Ο υπεύθυνος της αστυνομίας, Tsunemori ταξιδεύει στην Shambala Float για να ερευνήσει την αλήθεια.

Ένα αθάνατο κορίτσι και ένα κανονικό αγόρι συναντιούνται και γίνονται φίλοι, μοιράζοντας έναν δεσμό που διαρκεί όλα τα χρόνια.

Το έτος 2027, ένα χρόνο μετά τη λήξη του μη πυρηνικού Παγκοσμίου Πολέμου IV, μια βόμβα έφυγε με προορισμό το Newport City, σκοτώνοντας έναν μεγαλέμπορο όπλων που ίσως είχε δεσμούς με τη μυστηριώδη Οργάνωση 501. Ο Αξιωματούχος της Δημόσιας Ασφάλειας Daisuke Aramaki προσλαμβάνει όλο το σώμα του κυβερνοχώρου προσθέτοντας τον χρήστη και ικανότατο χάκερ, Motoko Kusanagi, να ερυενήσει το γεγονός.