To «Αποικία(Colony)» επικεντρώνεται σε ένα φανταστικό Λος Άντζελες το οποίo βρίσκεται υπό την κατοχή εξωγήινων δυνάμεων. Ως αποτέλεσμα της κατοχής κάποιοι άνθρωποι συνεργάζονται με τις αρχές , ενώ κάποιοι άλλοι με τους αντάρτες που ζητούν την απελευθέρωση της πόλης. Βασικός ήρωας είναι ο Will Bowman , ένας πρώην πράκτορας του FBI ο οποίος προκειμένου να προστατεύσει την οικογένειά του θα ενώσει τις δυνάμεις του με την κυβέρνηση προκειμένου να εξαλείψει κάθε μορφή αντίστασης . Στη διάρκεια της σειράς θα χρειαστεί να κάνει δύσκολες επιλογές προκειμένου από την μία να προστατεύσει την οικογένειά του και από την άλλη να διασώσει την ελπίδα για απελευθέρωση της ανθρωπότητας.

Η ειδική ομάδα εξιχνίασης εγκλημάτων αναζητά τους ενόχους μέσα στον πλούτο, την αφθονία και τους γρήγορους ρυθμούς του Λας Βέγκας. Οι ντετέκτιβ της υπηρεσίας προσπαθούν να λύσουν διάφορες μυστήριες υποθέσεις, ερευνώντας και αναλύοντας τα στοιχεία που συγκεντρώνουν από τον τόπο του εγκλήματος.

Ενας μυστηριώδης κακοποιός κλέβει μια μυστική, υψηλής τεχνολογίας χρονομηχανή, με σκοπό να καταστρέψει την Αμερική που γνωρίζουμε, αλλάζοντας το παρελθόν. Η μόνη ελπίδα είναι μια απροσδόκητη ομάδα: ένας επιστημόνας, ένας στρατιώτης και μια καθηγήτρια ιστορίας, που θα πρέπει να χρησιμοποιήσουν την πρωτότυπη μηχανή για να ταξιδέψουν σε μερικά απο τα πιο σημαντικά γεγονότα του παρελθόντος. Στόχος τους είναι να βρίσκονται ένα βήμα μπροστά απο τον επικίνδυνο φυγά, ενώ την ίδια ώρα δεν θα πρέπει να επηρρέασουν το παρελθόν..