Ο καθηγητής Yukawa, πηγαίνει στη Harigaura για επαγγελματικούς λόγους. Στο τραίνο συναντά τον μικρό Kyohei που πηγαίνει σε συγγενείς του στην ίδια πόλη. Οι δύο τους ξανασυναντιούνται στο πανδοχείο που ανήκει στον θείο του Kyohei. Το επόμενο πρωί, ένας φιλοξενούμενος του πανδοχείου, ο κύριος Tsukahara, βρίσκεται νεκρός. Καθώς οι αστυνομικοί ερευνούν τον θάνατο του κυρίου Tsukahara, ανακύπτουν περισσότερα ερωτηματικά και έτσι στρέφονται στον καθηγητή Yukawa, για να βοηθήσει.

Ο Κένσιν έχει συνηθίσει στην νέα ζωή του με την Καόρου και τους άλλους φίλους τους, όταν δέχεται ένα αίτημα από την Κυβέρνηση Μέιτζι. Ο Σισίο Μακότο, ένας πρώην δολοφόνος, επέζησε αφού τον πρόδωσαν και τον έκαψαν ζωντανό. Τώρα βρίσκεται στο Κιότο και συνωμοτεί με τους πολεμιστές που έχει συγκεντρώσει, να ρίξουν την νέα κυβέρνηση. Αντίθετα από την επιθυμία της Καόρου, ο Κένσιν, δέχεται να πάει στο Κιότο να πολεμήσει τον Σισίο και να ανατρέψει ένα νέο εμφύλιο πόλεμο.

Μετά την ήττα του από τον Σισίο, ο Κένσιν πέφτει στην θάλασσα για να σώσει την Καόρου. Το άτομο που τον σώζει είναι κάποιος από το παρελθόν του, ο παλιός του δάσκαλος που θα του διδάξει την τελευταία κίνηση της τεχνικής Χίτεν Μιτσουρούγκι. Εντωμεταξύ ο Σισίο με το μαύρο πλοίο του φτάνει στις ακτές του Τόκιο και απειλεί να το πυρπολήσει. Η κυβέρνηση υποκύπτει στις απαιτήσεις του και κηρύσσει τον Κένσιν ως φυγά και δολοφόνο της προηγούμενης εποχής του Σογκουνάτου. Για άλλη μια φορά ο Κένσιν θα αντιμετωπίσει με του συμμάχους του τον Σισίο και τον στρατό του.