Σε έναν άλλο κόσμο, η νίντζα είναι η απόλυτη δύναμη, και στο Χωριό Κρυμμένο στα Φύλλα ζει ο πιο απότομος νίντζα στη χώρα. Δώδεκα χρόνια νωρίτερα, η τρομακτική Fox-Nine Tailed τρομοκρατούσε το χωριό και σκότωσε πολλές ζωές προτού υποταχθεί και το πνεύμα της σφραγίστηκε μέσα στο σώμα ενός μωρού. Αυτό το αγόρι, ο Naruto Uzumaki, μεγάλωσε για να γίνει ninja-in-training που ενδιαφέρεται περισσότερο για φάρσες παρά για τη μελέτη του ninjutsu .. αλλά ο Naruto είναι αποφασισμένος να γίνει ο μεγαλύτερος ninja ποτέ!

Ο Τάκασι Νάτσουμε έχει την ικανότητα να βλέπει πνεύματα, το οποίο έχει από καιρό κρατήσει μυστικό. Ωστόσο, μόλις κληρονομήσει ένα παράξενο βιβλίο που ανήκε στη νεκρή γιαγιά του, Ρέικο, ανακαλύπτει τον λόγο για τον οποίο τα πνεύματα τον περιβάλλουν.

Πρόκειται για την συνέχεια της πολυαγαπημένης σειράς Naruto. Το Naruto Shippuden διαδραματίζεται όταν πια η γενιά του Naruto έχει ωριμάσει. Μετά από εκπαίδευση δυόμιση χρόνων με τον Jiraiya, ο Uzumaki Naruto, 15 χρονών πλέον επιστρέφει στην Konoha, ενώνεται με τους φίλους που άφησε πίσω και επανασυγκροτεί την Ομάδα 7, με μόνη έλλειψη τον Sasuke Uchiha.

Ο Yuji Itadori είναι ένα αγόρι με τρομερή σωματική δύναμη, αν και ζει μια εντελώς συνηθισμένη ζωή στο γυμνάσιο. Μια μέρα, για να σώσει έναν συμμαθητή που έχει δεχτεί επίθεση από κατάρες, τρώει το δάχτυλο του Ryomen Sukuna, παίρνοντας την κατάρα στην ίδια του την ψυχή. Από εκεί και πέρα, μοιράζεται ένα σώμα με τον Ryomen Sukuna. Με οδηγό τον πιο ισχυρό των μάγων, τον Satoru Gojo, ο Itadori γίνεται δεκτός στο Γυμνάσιο Tokyo Jujutsu, μια οργάνωση που πολεμά τις κατάρες... και έτσι ξεκινά η ηρωική ιστορία ενός αγοριού που έγινε κατάρα για να ξορκίσει μια κατάρα, μια ζωή από όπου δεν μπόρεσε ποτέ να γυρίσει πίσω.