Οι Kouga και οι Iga είναι δύο φυλές Ninja που μισιούνται θανάσιμα μεταξύ τους. Όμως το μίσος αυτό ανήκει στο παρελθόν καθώς εδώ και 400 χρόνια υπάρχει μία συνθήκη ειρήνης ανάμεσα τους. Μάλιστα οι αρχηγοί τους Oboro και Gennosuke είναι ερωτευμένοι και ετοιμάζονται να παντρευτούν. Φαίνεται όμως πως η μοίρα έχει άλλα σχέδια καθώς η συνθήκη ειρήνης σπάει και οι δύο φυλές βρίσκονται σε θέση μάχης καθώς πρέπει η κάθε μια από αυτές να σκοτώσει τους 10 καλύτερους της άλλης ομάδας... Έτσι αναζωπυρώνει ο πόλεμος των 400 χρόνων ξανά για το ποιος θα παραμείνει όρθιος και ποιος είναι ο ικανότερος...

Γενιές και γενιές της οικογένειας Τζόσταρ -όλες με το ίδιο ψευδώνυμο- αντιμετωπίζουν κακούς με υπερφυσικές δυνάμεις σε διάφορες χρονικές περιόδους.