To Νησί των Σκύλων αφηγείται την ιστορία του Ατάρι Κομπαγιάσι, ενός 12χρονου προστατευόμενου του διεφθαρμένου Δημάρχου Κομπαγιάσι. Όταν, με Προεδρικό Διάταγμα, αποφασίζεται να μεταφερθούν όλοι οι σκύλοι της πόλης Μεγκασάκι σε μία αχανή χωματερή, ονόματι Νησί των Σκουπιδιών, ο Ατάρι ξεκινά μόνος του την αναζήτηση του σκύλου-σωματοφύλακα του, Σποτς. Εκεί, με τη βοήθεια μίας αγέλης ημίαιμων φίλων, αρχίζει ένα επικό ταξίδι που θα καθορίσει την τύχη και το μέλλον ολόκληρης της Νομαρχίας.