Είναι το 2009μ.Χ. και η ανθρώπινη φυλή βρίσκεται σε έναν πόλεμο μεταξύ γιγάντιων ανθρωποειδών. Επιστρέφοντας από τα πέρατα του ηλιακού μας συστήματος, το διαστημόπλοιο SDF-1 Macross μεταφέρει επιζώντες του νησιού της Νότιας Αταρίας. Η ταινία είναι μια επανάληψη των γεγονότων που της ομώνυμης τηλεοπτικής σειράς του 1982.